Основным недостатком шифера является содержание асбеста, мелкие частицы которого отрицательно влияют на состояние здоровья человека. Асбестовая пыль приносит такой же вред человеческому организму как и остальные подобные мелкодисперсные вещества (стекловолокно, текстильное волокно, цементная пыль и прочее). При обработке шифера (к примеру, абразивными кругами) необходимо обеспечить полную защиту дыхательных путей и слизистой оболочки глаз. В ряде стран в производстве шифера используют амфиболовый асбест, который признан канцерогеном. В России и Украине вместо него используется хризолитовый асбест, который в случае попадания в организм выводится максимум через 48 часов.Шифер, спустя время, обрастает мхом, что значительно влияет на его декоративные характеристики. В наше время подобный недостаток можно устранить применением проникающих грунтующих составов, которые усиливают гидростойкость покрытия.Шифер является достаточно тяжелым строительным материалом — стандартный лист весит в среднем 21 кг. Поэтому для укладки шифера потребуется физическая сила.

Шифер требует бережного обращения при установке или транспортировке, так как является хрупким материалом.